Zmiany w sposobie pracy sprawiają, że dokumentacja coraz częściej działa jednocześnie w wersji papierowej i elektronicznej. Pracownicy otrzymują pliki od klientów, zapisują ustalenia po spotkaniach, przygotowują kolejne wersje umów i przekazują dokumenty między działami. W takim środowisku problemem staje się nie tylko i wyłącznie liczba zachomikowanych materiałów, ale też zachowanie powiązań między nimi.
Pojedynczy plik może być częścią większej sprawy, a jego treść bez dodatkowego kontekstu bywa trudna do właściwej interpretacji. Program do zarządzania dokumentami daje możliwość przypisywanie plików do określonych procesów oraz przechowywanie informacji o ich pochodzeniu, dacie wykonania i osobach odpowiedzialnych za obsługę. Przy planowaniu takiego rozwiązania trzeba natomiast uwzględnić codzienne przyzwyczajenia użytkowników. Jeżeli zapisanie dokumentu wymaga wypełnienia wielu pól, część osób może pomijać niektóre informacje albo odkładać rejestrację na późniejszy czas. Zbyt intuicyjny formularz również ma ograniczenia, ponieważ nie pozwala odróżnić dokumentów o podobnych nazwach. Zakres wymaganych danych powinien więc odpowiadać rzeczywistym potrzebom, a nie jedynie założeniom przyjętym na etapie projektowania.
Ważną częścią organizacji dokumentacji jest postanowienie, w jaki sposób informacje przechodzą między kolejnymi etapami pracy. Dokument może zostać przygotowany przez jedną osobę, sprawdzony przez drugą, a następnie zatwierdzony przez osobę uprawnioną do podjęcia wyborów. Na każdym z takowych etapów mogą pojawić się poprawki, uwagi albo dodatkowe załączniki. Bez jasnych reguł łatwo pomylić wersję roboczą z zatwierdzoną albo nie zauważyć przekształceń wprowadzonych po wcześniejszej akceptacji. Zarządzanie dokumentami i archiwizacja powinny zatem uwzględniać historię przemian, status dokumentu oraz zasady przekazywania odpowiedzialności. Przydatne jest także określenie, które czynności wymagają zgody i kiedy trzeba ponownie skierować plik do sprawdzenia. Nie każdy dokument musi przechodzić przez taki sam proces. Prosta notatka wewnętrzna może wymagać jedynie zapisania, w trakcie gdy umowa albo dokument finansowy może podlegać kilku etapom kontroli. Rozróżnienie tych przypadków daje możliwość uniknąć sytuacji, w której drobne sprawy są obsługiwane z taką samą liczbą formalności jak dokumenty o większym znaczeniu. Trzeba także pamiętać, że automatyczne powiadomienie o oczekującym zadaniu nie zastępuje jasno określonej odpowiedzialności za jego wykonanie.
Osobnego podejścia wymaga dokumentacja przechowywana przez sporo lat. W starszych zbiorach mogą znajdować się pliki zapisane w formatach, których obsługa z w pewnych przypadkach staje się trudniejsza, a także dokumenty pozbawione opisów ułatwiających ich identyfikację. Przy przenoszeniu takich materiałów do nowego środowiska powinno się sprawdzić, czy zachowano kompletność danych, strukturę folderów i powiązania z prowadzonymi sprawami. Program do zarządzania dokumentami i cyfrowej archiwizacji może porządkować materiały według ustalonych kryteriów a także umożliwiać wyszukiwanie na podstawie opisów lub treści plików. Efekt wyszukiwania zależy natomiast od jakości danych wejściowych. Jeżeli już data została błędnie przypisana albo numer sprawy zawiera literówkę, dokument może nie pojawić się na liście wyników. W przypadku skanów znaczenie ma również jakość obrazu oraz poprawność rozpoznawania tekstu. Dlatego migracja dokumentacji powinna obejmować kontrolę próbek, wykrywanie brakujących plików i sprawdzanie, czy dokumenty można prawidłowo otworzyć. Przy dużych zasobach nie za każdym razem da się przeanalizować właściwie każdy plik ręcznie, dlatego zakres sprawdzeniu warto ustalić na podstawie wieku dokumentów, ich znaczenia i ryzyka związanego z błędami. Powinno się także rozstrzygnąć, które materiały można połączyć, a które muszą zachować odrębną historię.
Na organizację elektronicznego archiwum wpływają także zasady dostępu, przechowywania i udostępniania informacji poza miejscem ich pierwotnego zapisania. Praca zdalna, współdzielenie plików a także korzystanie z urządzeń mobilnych sprawiają, że dokumenty mogą być otwierane w różnych ustaleniach i przez osoby wykonujące odmienne zadania. Uprawnienia powinny odpowiadać tym potrzebom, a jednocześnie uwzględniać ograniczenia wynikające z działu danych i obowiązujących przepisów. Warto ustalić, czy użytkownik może jedynie odczytać dokument, czy także go zmienić, pobrać lub przekazać dalej. Istotna jest też procedura odbierania dostępu po zmianie zadań albo zakończeniu współpracy. Dalszym zagadnieniem pozostaje okres przechowywania. Dokumenty nie powinny być usuwane tylko dlatego, że przestały być potrzebne w panującej pracy, ponieważ mogą podlegać określonym wymogom prawnym albo wewnętrznym zasadom rozliczania spraw. Z drugiej strony bezterminowe gromadzenie wszystkich materiałów zwiększa ilość danych wymagających testom. Potrzebne są zatem reguły określające moment przeglądu dokumentacji, sposób zatwierdzania usunięcia a także postępowanie w razie sporu lub obowiązku zachowania akt. Niezależnie od przyjętego modelu trzeba również uwzględnić kopie zapasowe, sposobność odtworzenia danych i okresowe sprawdzanie, czy zapisane pliki wciąż są dostępne w czytelnej postaci.
Zobacz: kontrola czasu pracy pracownika.